MCB2979 — Recombinaison, Plasmides, Conjugaison et Traduction (Notes & Révisions) Flashcards

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Tyrosine-recombinase

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Enzyme de recombinaison site-spécifique utilisant une **tyrosine** comme résidu catalytique. Elle clive d'abord un seul brin, échange des brins et génère une jonction intermédiaire avant la résolution, typique de systèmes comme l'intégrase du phage lambda.

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Sérine-recombinase

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Famille de recombinases qui utilisent une **sérine** catalytique et clivent les deux brins simultanément. Elles créent des coupures à ~2 bp et libèrent un 3'-OH, impliquées dans inversions et excisions locales.

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Shufflon

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Système d'inversions multiples présent sur certains plasmides (ex. R64) qui génère différentes configurations d'ADN codant pour pili de conjugaison. Il modifie la spécificité de contact cellule‑cellule et est recombiné par une tyrosine‑recombinase.

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Integron

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Élément génétique mobile capable de capturer et d'exprimer des **cassettes gèniques** via une integrase (tyrosine). Il contient une région 5' conservée (intI + attI), une région centrale variable de cassettes et une région 3' conservée.

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oriT

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Origine de transfert sur un plasmide où la **relaxase** effectue un nick pour initier le transfert conjugal. OriT est souvent riche en AT et agit comme point de départ pour le transfert en cercle roulant.

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Relaxase

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Enzyme qui reconnaît l'oriT, réalise un nick par trans-estérification et reste liée à l'extrémité 5' du brin transféré. Elle guide le brin simple transféré vers la cellule receveuse pendant la conjugaison.

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F pilus

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Structure protéique filamenteuse (pilus) codée par les gènes tra du plasmide F. Il permet l'attachement initial entre donneur et receveur et facilite la formation du pore conjugal pour le transfert d'ADN.

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Hfr

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Souche où le plasmide F est intégré dans le chromosome; elle transfère fréquemment des fragments chromosomiques lors de la conjugaison. Le transfert débute à oriT intégré et l'ordre des gènes transférés reflète leur distance à oriT.

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RepA

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Protéine initiatrice de réplication pour certains plasmides (ex. R1, pSC101). Sa concentration contrôle l'initiation et participe aux mécanismes de régulation par couplage et itérons.

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ColE1

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Plasmide modèle régulé principalement par **interactions ARN–ARN** (ARN I et ARN II). ARN II sert d'amorce pour la réplication après traitement par RNaseH; ARN I empêche cette maturation par hybridation.

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Handcuffing

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Mécanisme de contrôle du nombre de copies où la protéine initiatrice (ex. RepA) lie des itérons de deux plasmides simultanément, empêchant l'initiation de réplication. Appelé aussi couplage des plasmides.

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Partition ParM

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Système actif de partitionnement où **ParM** (ATPase) forme des filaments qui poussent les plasmides liés à ParR–parC vers les pôles cellulaires, assurant ségrégation aux filles.

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IF2

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Facteur d'initiation qui lie le premier tRNA initiateur (fMet‑tRNAfMet) et facilite son positionnement sur le site P pendant l'assemblage du complexe d'initiation 30S. IF2 est une GTPase et utilise GTP pour l'assemblage final du ribosome.

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EF‑Tu

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Facteur d'élongation qui transporte les aminoacyl‑tRNA au site A du ribosome lié à GTP. Après appariement correct, EF‑Tu hydrolyse GTP et se dissocie, permettant la transpeptidation.

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Peptidyltransférase

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Activité catalytique du ribosome localisée principalement dans l'**ARN 23S** de la sous‑unité 50S. Elle catalyse la formation du lien peptidique entre le peptide naissant et l'acide aminé du aa‑tRNA au site A.

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Shine‑Dalgarno

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Séquence en 5' de l'ARNm en bactéries qui s'apparie avec une région complémentaire de l'ARNr 16S pour positionner correctement le codon d'initiation sur le ribosome. Essentielle pour l'efficacité de l'initiation.

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Système d'addiction

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Mécanisme plasmidique de stabilité où le plasmide code à la fois une toxine stable et un antitoxique labile (ARN ou protéine). La perte du plasmide conduit à la disparition de l'antidote et à la toxicité sur la cellule fille sans plasmide.

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ICE

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Elements intégratifs conjugatifs: séquences intégratives qui s'excisent, s'extraient du chromosome et se transfèrent par conjugaison grâce à un T4SS. Ils transportent souvent gènes de résistance, métaboliques ou de virulence.

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Type IV Secretion System

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Système de sécrétion (T4SS) qui forme un pore trans‑membranaire et conduit le transfert d'ADN et de protéines entre cellules, utilisé par les plasmides conjugatifs et Agrobacterium pour le transfert du T‑DNA.